酶学与酶工程

第一章 绪论

一、课程简介

学习本课程的意义

  • 考研:生物化学课程中有关酶的章节
  • 培养科学创新思维:非水催化、抗体酶、模拟酶、进化酶等技术包含的创新思维值得学习和借鉴
  • 就业:酶的应用非常广泛,无处不在,无孔不入。酶就像外科医生手中的手术刀,没有手术刀,再有名的医生也是徒劳

课程内容与先修课程

讲授内容:酶学、酶工程和蛋白质工程的相关知识,包括蛋白质和酶的生产、蛋白质和酶的改性以及蛋白质和酶工程的应用

先修课程:有机化学、生物化学、细胞生物学、微生物学、分子生物学、基因工程

教材与参考书

教材

《酶工程》

罗贵民主编,化学工业出版社,2016

参考书
  • 《现代酶工程》(第二版),梅乐和、岑沛霖编,化学工业出版社,2008
  • 《酶学与酶工程导论》,邹国林等主编,清华大学出版社,北京,2021
  • 《酶工程》(第三版),郭勇编著,科学出版社,2009
  • 《蛋白质工程》(第二版),汪世华主编,科学出版社,2016

课程主要内容

  • 绪论
  • 酶学与酶工程
  • 酶的稳定化和固定化
  • 酶反应器
  • 蛋白质和酶的分子修饰
  • 非水酶学
  • 人工酶
  • 抗体酶
  • 核酶和脱氧核酶
  • 进化酶

教学目的和要求

  • 系统地掌握酶的生产、改性与应用的技术过程
  • 理解和掌握酶工程的主要理论、概念
  • 掌握酶工程的研究方法,熟悉工程应用
  • 了解相关的新进展

课程考核方式

期末考试(闭卷)

占60%

平时成绩

占40%

  • 考勤:10分(旷课1次扣2分)
  • 作业:10分(布置3-5次作业)
  • 期中考试:20分

二、蛋白质工程和酶工程的概念

蛋白质工程

在分子生物学、结构生物学和生物信息学等学科的基础上,利用基因工程技术手段,改造现存蛋白质性能,使其符合社会生产生活的需要

酶(Enzyme)

活细胞产生的一类具有催化功能的生物分子,又称为生物催化剂

  • 蛋白类酶(Proteozyme,P酶):由蛋白质构成
  • 核酸类酶(Ribozyme,R酶):是具有催化能力的RNA

酶工程(Enzyme Engineering)

由酶学与化学工程技术、基因工程技术、微生物学技术相结合而产生的一门新的技术科学

从应用目的出发,研究酶的产生、酶的改性、酶反应器以及酶的各方面应用

通过预先设计,经过人工操作控制而获得大量所需的酶,并通过各种方法使酶发挥其最大的催化功能

酶应用的起源

  • 中国夏禹时代:酿酒、酿醋(粬醪、醴、糵、麴)
  • 两周时代:饴糖、食酱、腌菜
  • 古埃及、古巴比伦时代:麦粉发酵酿造啤酒

三、蛋白质与酶工程的发展简史

近代发展(18世纪始)

1826年

Mitscherlich提出"酵素"的概念

1833年

Payen和Persoz用酒精处理麦芽水抽提液,得到白色无定形粉末,命名为diastase

1878年

Kühne提出"Enzyme"一词:En(在)+Zyme(酵母)

1894年

Takamine Joichi(高峰让吉)利用米霉菌固体培养法生产Taka淀粉酶(第一个商品酶制剂),酶工程由此开始

1896年

Eduard Buchner发现酵母粗提液能将糖发酵成酒精,证明起作用的非细胞本身,在细胞外也可以发生作用

(获得1907年诺贝尔化学奖)

酶作用学说的提出

中间产物学说(1902年)

Henri提出:底物转化成产物之前,必须先与酶形成复合物

米氏方程(1913年)

Michaelis和Menten提出酶动力学基本方程

1925年Briggs和Handane提出"拟稳态"学说,对米氏方程作重要修正

锁钥学说(1894年)

Emil Fisher提出:酶分子和底物在结构上需有严格的互补关系,底物须契合到酶的活性中心

诱导契合学说(1958年)

Daniel E. Koshland提出:酶是具有柔性的大分子,底物与酶分子互相碰撞时可诱导酶的构象变化

酶的本质和结构研究

1926年

J. Sumner从刀豆中提取脲酶,首次获得酶的结晶体

(1937年获得过氧化氢酶结晶,1946年获得诺贝尔化学奖)

1957年

Sanger报道了胰岛素的氨基酸序列(第一次阐明一个蛋白质的氨基酸全序列)

1965年

报道了鸡卵清溶菌酶的三维结构(X-晶体衍射技术)

1969年

首次报道由氨基酸化学合成牛胰核糖核酸酶A

现代酶学

核酸类酶(Ribozyme)的发现

  • 1982年:Cech发现四膜虫的26S rRNA前体在完全没有蛋白质的情况下进行自我加工
  • 1983年:Altman等人发现核糖核酸酶P中的RNA组分M1 RNA具有核糖核酸酶的催化活性

Ribozyme发现的重大意义

  • RNA具有酶的催化活性,向"酶的化学本质是蛋白质"这一传统概念提出挑战
  • 对生物起源和生命进化的研究具有重要启示
  • 为基因、病毒和肿瘤治疗提供了可行途径

酶工程和蛋白质工程发展概况

1894年

利用米曲霉制备高峰淀粉酶,开创了酶生产和应用的先例

1908年

胰酶用于皮革的软化

细菌淀粉酶用于纺织品褪浆

1911年

木瓜蛋白酶用于啤酒的澄清

1949年

微生物液体深层发酵生产细菌α-淀粉酶

1953年

部分酶用重氮化聚氨基苯乙烯树脂共价结合(化学法固定化酶)

1969年

固定化酶的工业应用——氨基酰化酶固定化应用

1971年

第一届国际酶工程学术会议

1983年

Ulmer在Science上发表以"protein engineering"为题的专论,被视为蛋白质工程诞生的标志

1984年

有机介质中酶催化反应成功,对传统观念提出挑战

1980s后

分子生物学和基因工程技术广泛应用于酶工程(酶的定向进化)

仿生学应用于酶工程(人工酶)

四、蛋白质工程研究内容

蛋白质的基础知识

蛋白质的结构
  • 一级结构
  • 二级结构
  • 三级结构
  • 四级结构
蛋白质的理化性质
  • 热稳定性
  • 可溶性
  • 相互作用力:静电相互作用,范德华作用力,氢键,二硫键和离子键等
蛋白质的结构和功能

结构生物学的发展成为蛋白质研究的重要基础

结构生物学与诺贝尔奖

  • 1962年:Watson和Crick发现DNA双螺旋结构(生理学和医学奖)
  • 1962年:Perutz和Kendrew解析肌红蛋白三维结构(化学奖)
  • 1985年:Hauptman和Karle测定晶体结构的直接方法(化学奖)
  • 2002年:Wüthrich发明多维核磁共振技术测定生物大分子结构(化学奖)
  • 2019年:Dubochet,Frank和Henderson开发冷冻电镜用于生物分子结构测定(物理学奖)

蛋白质的物质准备

蛋白质的表达
  • 原核表达系统
  • 真核表达系统
  • 无细胞表达系统
蛋白质的纯化
  • 离心分离
  • 层析技术
  • 电泳分离
  • 膜分离技术

蛋白质的研究方法

蛋白质的结构解析
  • X-射线晶体衍射
  • 核磁共振(NMR)
  • 冷冻电镜(Cryo-EM)
分析鉴定和相互作用
  • 蛋白质芯片
  • 蛋白质指纹图谱
  • 酵母双杂交技术
  • 表面展示技术
蛋白质组学研究

研究特定条件下蛋白质组的组成、表达水平和修饰状态

蛋白质的改造

生物信息学
  • 序列比对
  • 结构和功能预测
  • 进化分析
设计改造

溶菌酶改造示例:

  • 引入三对二硫键,增加热稳定性
  • 去除甘氨酸或引入脯氨酸,提高变性温度
  • N端残基突变,稳定螺旋偶极
功能应用
  • 药物开发
  • 生物传感器
  • 生物材料
  • 工业催化剂

五、酶工程研究内容

新酶的研究与开发

核酶与脱氧核酶
  • 核酶:生物体中发现的具有催化活性的RNA
  • 脱氧核酶:人工设计合成的具有催化活性的DNA
抗体酶

具有催化活性的抗体分子,并在其可变区赋予酶的属性

人工酶(模拟酶)

根据酶催化作用原理,设计和合成较天然酶简单的非蛋白质分子或蛋白质分子

进化酶

模拟自然进化过程,在体外进行酶基因的人工随机突变,建立突变基因文库,定向选择得到具有优良催化特性的突变酶

端粒酶

细胞中具有延长端粒的酶。端粒长短和稳定性决定了细胞寿命,并与细胞衰老和癌变密切相关

纳米酶

既具有纳米材料独特性能又具有催化功能的人工模拟酶,催化活性高

极端环境微生物新酶

如Taq聚合酶来源于水生栖热菌(Thermus aquaticus),是一种耐热的DNA聚合酶

不可培养微生物新酶

不可培养微生物是指在常规实验技术条件下,无法得到纯培养体的微生物(自然环境中约99%是不可培养微生物)

酶的高效应用

酶的固定化

酶可反复、连续使用多次,大大提高酶的使用效率

酶的化学修饰

可提高酶活力、稳定性,消除免疫原性等特性

非水介质中的酶催化

可发生水中不能进行的反应,如聚合反应

酶的优化生产

培养基配方优化

采用正交实验等方法优化培养基组成

发酵条件优化
  • 发酵温度
  • pH值
  • 发酵周期
  • 溶氧量
分离纯化条件优化

难度最大,成本最高,约占产品70%成本

六、蛋白质与酶工程的应用

酶工程的应用

全球酶制剂产业概况

  • 已发现酶约7000种,已利用约150种
  • 工业生产的酶约60多种,大量生产的酶约20种
  • 80%是水解酶
  • 2018年全球市场规模约93亿美元
  • 预计2019-2025年,年复合增长率约7%
国际主要酶制剂公司
  • 丹麦诺维信公司(Novozymes):占全球市场份额约48%,拥有4000多项专利
  • 美国杰能科(Genencor):占全球市场份额约20%
  • 德国AB酶制剂公司
中国酶制剂工业
  • 诞生于1965年
  • 应用主要集中在发酵和淀粉糖行业、食品行业、饲料行业和医药行业
  • 主要企业:广东溢多利、尤特尔生化、北京昕大洋、武汉新华扬等
  • 以低端酶为主(淀粉酶、糖化酶占82%),高端酶产量较低

蛋白质工程的应用

应用领域
  • 工业
  • 农业
  • 医药
  • 生物医用材料
  • 能源
医药应用实例
  • 基于leukotriene A hydrolase结构设计的治疗哮喘和过敏性鼻炎的新药——孟鲁司特
  • 甲型H1N1流感病毒囊膜蛋白神经氨酸酶(NA)的结构研究