蛋白质与酶的分子修饰

第四章 分子修饰技术与应用

一、酶分子修饰基础

酶应用的限制因素

  • 细胞外稳定性差:在非生理环境下易失活
  • 酶活性不够高:天然酶催化效率有限
  • 具有抗原性:在医疗应用中可能引发免疫反应

酶化学修饰定义

用化学手段将某些原子或化学基团结合到酶分子上,或将酶分子中某基团改变,从而改变酶的催化性质及生理生化性质。

酶化学修饰的意义

研究意义
  • 研究酶的空间结构
  • 确定氨基酸残基功能
  • 测定酶分子中氨基酸数量
应用意义
  • 提高酶生物活性
  • 增强酶在不良环境中的稳定性
  • 消除抗原性
  • 产生新的催化能力

二、酶化学修饰原理

提高酶活力的原理

一级结构修饰引起高级结构改变,从而改变酶功能(包括酶活力)。

增强稳定性的原理

热稳定性

多点交联形成"刚性"结构

对抑制剂稳定性

空间障碍"遮盖"活性部位

抗水解酶稳定性

空间障碍保护敏感键

消除抗原性的原理

  • 破坏抗原决定簇
  • "遮盖"抗原决定簇阻碍抗体结合

应用实例

胰凝乳蛋白酶:用乙醛酸修饰表面氨基,60°C稳定性提高1000倍

SOD酶:PEG修饰后消除抗原性,延长半衰期

酶化学修饰的局限性

  • 修饰剂专一性相对
  • 构象变化影响结果解释
  • 只能修饰极性氨基酸残基
  • 缺乏准确性和系统性

化学修饰的专一性分类

类型 特点 方法
基团专一性修饰 修饰活性中心特定氨基酸残基 专一性化学修饰剂
位点专一性修饰 利用底物类似物亲和标记 亲和标记试剂(内生/外生)
差别标记 底物保护活性部位后修饰 同位素标记

三、酶分子修饰方法

金属离子置换修饰

将酶分子中的金属离子换成另一种金属离子,改变酶的特性(专一性、最适pH、稳定性)。

修饰过程
  • 酶的分离纯化
  • 加入螯合剂除去原有金属离子
  • 加入新金属离子进行置换

应用实例

锌型蛋白酶→钙型蛋白酶:酶活力提高20-30%

Fe-SOD→Mn-SOD:H₂O₂稳定性增强

大分子修饰

非共价修饰
  • 聚乙二醇、右旋糖苷等通过氢键固定
  • 多元醇、多糖等调节微环境
  • 蛋白质分子间相互作用增加稳定性
共价修饰
  • 聚乙二醇、右旋糖苷等共价连接
  • 形成覆盖层改变酶性质
  • 显著延长酶在体内的半衰期

聚乙二醇(PEG)修饰的优势

  • 良好的生物相容性和水溶性
  • 无毒、无残留、无免疫原性
  • 形成亲水外壳改变动力学性质

小分子修饰(侧链基团修饰)

利用小分子化合物对酶侧链基团进行化学修饰,改变酶特性和功能。

修饰基团 主要氨基酸 常用试剂
氨基 赖氨酸(Lys) N-羟基琥珀酰亚胺(NHS)、异硫氰酸酯
羧基 Asp, Glu 羰基二咪唑(CDI)、碳二亚胺(EDC)
巯基 半胱氨酸(Cys) 马来酰亚胺、碘代乙酸
二硫键 Cys-Cys β-单砜、芳氧基马来酰亚胺

肽链有限水解修饰

利用酶分子主链的切断和连接改变酶结构和功能。

酶原激活实例
  • 胃蛋白酶原 → 胃蛋白酶
  • 胰蛋白酶原 → 胰蛋白酶

应用效果

天冬氨酸酶:切除10个氨基酸后活力提高4-5倍

ATP酶:切除十几个残基后活力提高5.5倍

氨基酸置换修饰

改变酶分子中的氨基酸组成,从而改变酶特性。

化学修饰法
  • 难度大,成本高
  • 专一性差,操作复杂
  • 例:枯草杆菌蛋白酶Ser→Cys
定点突变技术
  • 基因操作技术
  • 特定位点碱基改变
  • 蛋白质工程常用技术

物理修饰

通过物理因素作用改变酶空间构象,不改变共价键结构。

纤维素酶:高压处理后30-40℃酶活提高10%

胰蛋白酶:盐酸胍变性后50℃重建,稳定性提高5倍

四、酶化学修饰设计

设计考虑因素

酶分子特性分析
  • 活性部位情况
  • 稳定条件及反应最佳条件
  • 侧链基团化学性质及反应活泼性
修饰剂选择
  • 修饰程度要求
  • 对氨基酸残基的专一性
  • 反应可逆性
  • 分析方法可行性
反应条件优化
  • 酶与修饰剂比例
  • 溶剂性质、离子强度、pH
  • 反应温度及时间

提高反应专一性的方法

位置专一性

利用蛋白质分子中基团的特殊位置环境

pH控制

控制不同pH选择性地修饰特定解离状态基团

底物保护

底物存在时保护活性部位基团

五、酶修饰后性质变化

修饰酶性质变化

性质 变化情况 原因
热稳定性 显著提高 刚性结构增强
抗原性 降低或消除 抗原决定簇被破坏或遮盖
对失活因子抵抗力 增强 空间障碍保护
体内半衰期 延长 抗降解能力增强
最适pH 可能改变 表面电荷分布变化
Km值 通常变大 空间位阻影响底物结合
酶修饰前后热稳定性变化示意图
修饰酶对失活因子抵抗力增强示意图

六、蛋白质分子设计

基本概念与原理

蛋白质分子设计:基于蛋白质结构-功能关系及分子模型,运用生物信息学、计算生物学和基因工程技术,获得性能更优越的蛋白质。

基本原理:蛋白质一级结构(氨基酸顺序)决定蛋白质高级结构。

蛋白质分子设计基本流程

收集信息

一级结构、立体结构、功能结构域及相关同源蛋白质数据

建立模型

分子模拟(量子力学法、分子力学法、分子动力学法)

分析模拟结果

评估准确性,分析三维结构特点及活性区域分布

确定设计方案

考虑功能要求、氨基酸残基特性、分子间作用力等

获取设计蛋白质

多肽化学合成或基因工程表达

实验验证

结构验证和功能活性检测

完成设计

多轮设计-修改-实验直至达到目标

蛋白质分子设计分类

小改(定点突变)
  • 少数氨基酸残基改变
  • 置换、删除或插入氨基酸
  • 依赖基因水平操作
中改(拼接组装)
  • 不同蛋白质元件组装
  • 蛋白质剪接技术
  • 例:嵌合抗体设计
大改(全新设计)
  • 设计自然界不存在的蛋白质
  • 特定空间结构或功能
  • 设计-合成-检测循环

定点突变技术

PCR介导定点突变

设计含突变位点引物,PCR扩增引入变化

寡核苷酸引物介导

含突变碱基引物引导DNA复制

盒式突变

人工合成含突变序列片段取代野生型

定点突变目标及策略

设计目标 解决策略
热稳定性 引入二硫键,增加氢键,改善疏水堆积
抗氧化稳定性 Cys→Ala/Ser, Met→Gln/Val/Ile/Leu
改变专一性 替换活性部位氨基酸

蛋白质全新设计

α螺旋设计
  • 使用α-螺旋倾向性残基
  • 形成亲水面和疏水面
  • N端加N帽,C端加C端帽
β折叠设计
  • 使用β-折叠倾向性残基
  • 亲水/疏水氨基酸相间排列
  • 稳定性较差需特殊设计
蛋白质从头设计实例示意图

分子设计技术

同源建模

基于同源蛋白质结构预测目标序列结构

分子动力学模拟

解析原子运动轨迹,分析系统随时间变化